2013年回国前，黄超兰在美国斯克利普斯研究所（Scripps Research Institute）任长聘资深科学家，在一次回国参加学术论坛的机会中，了解到国家将投资建设蛋白质科学中心。“会上有人咨询我建设中心需要采购的质谱仪器，希望我帮忙审核采购内容，当时我便按照中心想要做的事情，列了一个该买的仪器清单，也许因为我是客观的专家，局外人，我的建议被采纳了。”黄超兰说道，“回到美国后我收到邀请，科学院希望我能回国帮助建设蛋白质中心。我在美国时就从零开始建了Scripps的proteomics center (CPP)，也参与Yeast Resources Center（YRC）多年，非常有建设多学科交叉合作中心的经验，我不否认自己是最合适的人选。”无菌杀孢子剂经过一番思考黄超兰做出了选择，她决定带着自己刚出生的孩子一起投身到祖国的科学事业中。黄超兰回忆道：“当时从毛坯房开始，设计布局电路，气路，空调，装修等，由中心非常有经验的”老李老师“执行，我手把手地建立了国家蛋白质科学中心（上海）的质谱系统，就和养育我的孩子一样倾注了不少心血。”2014年入驻，2015年4月就完成了国家发改委的验收。在黄超兰的主持下，质谱系统是当时国内最好的，也是国际领先的技术平台，吸引了众多的国内外学者前来合作。在15-17两年间中心质谱系统发表了26篇高水平的文章，其中两篇是和施一公教授合作的影响重大的剪接体结构的Science文章，大大地提高了我国生命科学基础研究的水平。无菌杀孢子剂中心进入常规平稳的运行后，黄超兰便马不停蹄地朝着下一个“零关卡”进发。“一直以来我的合作者大都是基础科研的科学家，一次机缘巧合，我接触到一个乙肝疾病相关的课题，也使我坚定了质谱技术应该向临床靠近的想法。这两个不同领域之间存在很大的‘鸿沟’ 著作权归作者所有。